副本是游戏的核心玩法之一，玩家可以通过挑战副本来获取丰富的资源和提升战力。副本主要分布在游戏主界面的副本入口中，包括主线副本、名将副本、组队副本等多种类型。主线副本是玩家推进剧情和获取基础资源的主要途径，而名将副本则专注于提供特定武将的碎片和培养材料。组队副本则需要与其他玩家合作完成，奖励更为丰厚。
进入副本后，玩家可以根据自身战力选择不同难度等级，普通难度适合新手玩家，困难难度和精英难度则对玩家的阵容搭配和策略有更高要求。每个副本都有明确的通关条件和星级评定，达成特定条件可以获得额外奖励。副本挑战需要消耗体力，体力可以通过自然恢复、商城购买或活动获取，合理分配体力是高效推进副本的关键。
副本的通关策略主要围绕武将阵容搭配和技能释放时机展开。建议优先培养一个核心输出武将，并搭配辅助型或防御型武将形成均衡阵容。输出型武将如赵云、关羽适合担任主力，而诸葛亮、华佗等辅助型武将能提供治疗和控制效果。战斗中需注意敌方技能特点，适时释放合击技能和兵符技能以扭转战局。
部分副本如时空外传和仙山对弈还包含隐藏宝箱和特殊机制，需要按照特定路线或顺序触发事件才能完美通关。这类副本通常需要玩家多次尝试或参考攻略才能完成全收集。定期参与双倍奖励活动可以最大化副本收益，建议玩家在活动期间集中挑战高价值副本。
少年三国志2的副本系统设计丰富且具有深度，玩家需结合自身资源与目标制定长期挑战计划。通过持续优化阵容和掌握副本机制，可以逐步攻克更高难度的挑战，从而在游戏中获得更全面的成长体验。